Hiện giai đoạn 2 của KCN trên đang trong quá trình bồi thường, thu hồi đất và mới bàn giao mặt bằng gần 90ha. Tuy nhiên diện tích bàn giao nằm rải rác không liền khoảnh nên chủ đầu tư dự án KCN Sông Mây không thể triển khai đầu tư hạ tầng kỹ thuật của KCN.
Việc bồi thường để thu hồi đất cho giai đoạn 2 KCN Sông Mây kéo dài nhiều năm chưa hoàn thành, do nhiều hộ dân chưa đồng tình với giá bồi thường vì cho rằng quá thấp.
KCN Sông Mây được quy hoạch diện tích 474ha, giai đoạn 1 khoảng 258ha còn lại là giai đoạn 2. Tuy nhiên đến nay, giai đoạn 1 chưa giải phóng mặt bằng xong (vẫn còn hơn 40ha). Hiện trong KCN có 67 doanh nghiệp đang hoạt động.