Cơ quan điều tra đã khởi tố vụ án, khởi tố 5 bị can, trong đó có 2 bị can cầm đầu là Nguyễn Minh Tú (SN 1992 thường gọi là Hùng) cùng Võ Tấn Lộc (SN 1997 thường gọi là Long) đều trú ở TP Thủ Đức, TP HCM.
Hai đối tượng thông qua mạng zalo để mua 228 Công ty có người đại diện theo pháp luật đều sử dụng giấy tờ giả, địa chỉ ở nhiều tỉnh thành trên cả nước (chủ yếu ở TP HCM và Hà Nội), thiết lập mạng lưới trung gian khoảng trên 400 người.
Những người này được phân công, phân cấp nhiệm vụ rõ ràng khai thác trang thông tin điện tử các doanh nghiệp Việt Nam, tìm kiếm các đơn vị có nhu cầu mua để bán hóa đơn GTGT điện tử cho nhiều đơn vị, doanh nghiệp trong cả nước với doanh số đặc biệt lớn khoảng trên 25.000 tỷ đồng.
Bước đầu cảnh sát xác định, thiệt hại về thuế trên 2.500 tỷ đồng. Các đối tượng thu lời bất chính khoảng trên 1.200 tỷ đồng (tương đương 5% doanh số tiền hàng ghi trên hóa đơn khống đã bán).
Trong đó, Tú và Lộc cầm đầu thu lời bất chính trên 252 tỷ đồng, tương đương 1% doanh số tiền hàng ghi trên hóa đơn khống đã bán. Các đối tượng trung gian trong hệ thống (F1, F2, F3…) hưởng lợi bất chính số tiền khoảng 750 tỷ đồng.
Để hợp thức thủ tục thanh toán qua ngân hàng cho các hóa đơn đã bán, Tú và Lộc thành lập nhiều công ty “tài chính” cũng với hình thức mua qua mạng zalo (người đại diện theo pháp luật của các công ty này đều sử dụng giấy tờ giả), sử dụng số điện thoại sim “rác” để đăng ký ứng dụng Intenetbanking để "bơm tiền" cho các đối tượng trung gian làm thủ tục thanh toán "quay vòng".
Đối với các hóa đơn đã bán có mặt hàng cần phải có hồ sơ chứng minh nguồn gốc như: đất, cát, sỏi, gỗ, xăng dầu, thực phẩm…Nguyễn Minh Tú đã qua mạng Internet, mua 32 con dấu giả của cơ quan có thẩm quyền (UBND các tỉnh, các Sở, ngành và các cơ quan đăng kiểm, kiểm định, công chứng) để thiết lập các bộ hồ sơ chứng minh nguồn gốc xuất xứ hàng hóa ghi trên các hóa đơn khống chuyển cho doanh nghiệp mua hóa đơn.
Quá trình điều tra, Cơ quan CSĐT, Công an tỉnh Phú Thọ đã thu giữ 228 con dấu của các doanh nghiệp bán hóa đơn và 32 con dấu giả các cơ quan chức năng, phong tỏa 2 tài khoản với số tiền trên 27 tỷ đồng.
