Theo kết luận điều tra, nguyên nhân vi phạm pháp luật của ông Trần Vĩnh Tuyến một phần do nể nang ông Lê Tấn Hùng - em trai nguyên bí thư Thành ủy TP.HCM. 'Bị can Trần Vĩnh Tuyến thừa nhận hành vi phạm tội, cho phép chuyển nhượng dự án không đảm bảo các yêu cầu, quy định của pháp luật. Một phần nguyên nhân vì nể nang, áp lực về tình cảm, quan hệ. Do đây là lĩnh vực được phân công nên bị can không báo cáo chủ tịch UBND TP và tập thể ban lãnh đạo UBND TP', cáo trạng nêu.

Dự án New City Thủ Thiêm, Khu nhà ở tại lô D2 và D3 trong quy hoạch Khu Y tế Kỹ thuật cao… là những dự án đã được ông Trần Vĩnh Tuyến hạ bút ký trước khi bị khởi tố.

Hồi cuối năm 2019, Thanh tra TP HCM đã có kết luận, chỉ ra nhiều sai phạm tại Tổng Công ty Nông nghiệp Sài Gòn (Sagri).